A ver, entiendo que le das al fligth director y lo pones en AUTO. Esto significa que los ajustes que le pongas al AP (Autopilot) serán ejecutados.
¿Cuales? Esto es lo que supongo que te falta.
Pues tu mismo. Lo normal es dar un HDG y altitud, por ejemplo, asi que deberás activar el botón HDG y ALT y ajustar los valores de rumbo y altitud en el dial correspondiente.
Que además quieres un ascenso/descenso controlado, pues le das a VS y seleccionas el valor de velocidad vertical deseado.
¿Seguir una radioayuda/punto fijo? Pues seleccionas el origen a seguir NAV1,NAV2, PLAN y le das a LOC.
Hay mas, pero ya puedes ir probando.
Prueba, infórmate, lee y pregunta tus dudas.