Yo creo que sí es posible.
En lugar de instalar los plugins en Resources/Plugins, instálalos en la carpeta de plugins del avión (<avión>/plugins) como "fat plugins". Es decir, te debería quedar algo así:
<avión>/plugins/nombre_plugin/win.xpl
<avión>/plugins/nombre_plugin/lin.xpl
<avión>/plugins/nombre_plugin/mac.xpl
Donde win, lin y mac son los la versión del plugin para cada sistema operativo (Windows, Linux y Mac). Si falta alguno no pasa nada.
De todos modos, puede no funcionar. El plugin tiene que estar bien escrito para funcionar bien desde la carpeta del avión. Es decir, tiene que pillar los recursos que le hacen falta al arrancar, y **soltarlos al salir**. Si no lo hace te van a pasar cosas raras. Y también tiene que ser capaz de trabajar desde una carpeta arbitraria, y no suponer que está instalado en Resources/Plugins. Todos los plugins deberían observar estas normas, pero quién sabe...
Son las cosas que se me ocurre que te pueden pasar... Ya nos cuentas