Te haces una coopia de seguridad cuando tengas todas las teclas asignadas y ya está.
Menuda solución...
Si X-Plane no guarda las preferencias es porque:
a ) Hay una casilla no sé donde para decirle que X-Plane no guarde las preferencias (aunque por defecto las guarda)
b ) X-Plane está instalado en una ubicación protegida por el sistema (Archivos de programa en Win, por ejemplo) donde no tiene permisos de escritura.
En el primer caso es cuestión de localizar dicha opción y asegurarse que esté configurada para que guarde las preferencias
En el segundo sólo es cuestión de mover la carpeta raiz de X-Plane a cualquier otro sitio que no esté protegido, como al escritorio, raiz del disco de sistema o a cualquier otra parte. Como última instancia siempre puedes asignar permisos de escritura a la carpeta actual.
