Buenas,
En España el espacio aéreo inferior es hasta FL245 y el superior por encima de FL245. O sea, FL240 es espacio inferior y FL250 es superior.
Si quieres volar, pongamos, a FL200, pues tendrás que volar por aerovías del espacio inferior. Si quieres volar a FL300 serán del espacio superior. Casi todos los reactores comerciales vuelan siempre en el espacio superior, y el inferior está reservado a aviones que vuelan más bajo (turboprops, aviones de pistón etc).
Sobre la discrepancia Jeppesen/AENA, no tengo Jeppesen pero sólo puedo decirte que las oficiales y vigentes (y gratuitas) son las cartas de AENA. Las de Jeppesen deberían coincidir plenamente o quizás las tienes desactualizadas.
http://www.enaire.es/csee/Satellite/navegacion-aerea/en/Page/1078418725153/?other=1083158950573#ancla7
