No te líes, es muy sencillo. Pon el mismo indicativo a los dos escenarios (por defecto y tuyo) y ya está. Te aparecerá un sólo escenario. Eso si, elige que indicativo quieres porque ambos son reales: LECU civil y LEVS militar (
http://www.ivao.es/atc/DOC/Manuales/LECM/LECU.pdf).
No se como estará el tema ahora pero hace unas versiones si había un conflicto de indicativos (dos o mas apt usando el mismo) el X-Plane petaba al cargarlos.
EDITOSe me ha ido la olla, me pasa a menudo por leer rápido.
El conflicto sólo puede existir si ambos pertenecen a escenarios propios, no con los default...
En tu caso la respuesta es correcta, utiliza el mismo indicativo que el default, es lo mejor si no pretendes liarte con el apt.dat global y esas cosas que se machacan con cada actualización.