No será problema del Airport Boundary? Mira a ver si le has metido Airport Boundary. Si no es así, como dicen los demás... compicado a más no poder.
El boundary no afecta absolutamente en nada referente a la malla, bueno en realidad no sirve de nada a no ser que éste aeródromo se envie a Robin y se vuelva a compilar el Global Scenery.
Lo que quiero decir es que en un aeródromo custom no sirve de nada, aunque no está de mas ponerlo.
Tu única solución es editar la malla, busca "vertextool" en el .org, verás que rápido se te quitan las ganas
En serio, trastear con el terreno es un auténtico co**azo. Siempre se puede desactivar lo de las pistas siguen el contorno del terreno para allanar completamente el perímetro del aeródromo, pero eso ya depende de cada usuario, no del creador del escenario, y por desgracia en muchos casos le quita realismo...
En resumen, este problema no lo puedes arreglar ni con WED ni con OE, la única salida es editar los vértices de la malla manualmente, como he dicho, un co**azo de los grandes...