Te puedo dar mi opinion como informatico, la tarjeta de vídeo te rendira igual en Linux que en Windows, una cosa muy diferente es como trabaje el S.O con el simulador pero te pasaria igual que con Nvidia, hay te marca la diferencia la placa base si es que tienes una tarjeta de video decente, para ponerte un ejemplo: Tarjeta de video buena pero mal rendimiento de placa
Problemas de compatibilidad, nada mas. X-Plane y Ati no se llevan bien y a día de hoy el asunto sigue sin solucionarse.
La experiencia ya me dijo hace muchos años que no comprase mas gráficas Ati.
Si buscas rendimiento -> Ati
Si buscas compatibilidad -> Nvidia
Una cosa quita la otra, en mayor o menor proporción.
Las Ati no suelen llevarse bien con cosas que no sean Call of Duty y Battlefield.