El parpadeo de la pantalla es por la gráfica o los drivers porque a mi me pasaba. Tienes una ATI?. En todo caso habla con el servicio tecnico de LR y que te comenten a ver las soluciones
Ahora que lo dices, en mi antiguo equipo también me parpadeaba la pantalla cuando cambiaba de tarea, por ejemplo para cambiar a mano un canal en el teamspeak, y luego ya no se recuperaba y tocaba reiniciar el x-plane. Tenía una ATI X1300 Pro. Ahora en el nuevo equipo tengo una NVidia y ya no he vuelto a tener esos problemas.
Saludos!
Quino