El colectivo controla el ángulo de las palas del rotor principal. Cambiando el ángulo se aumenta o disminuye el empuje del rotor hacia arriba. El control del motor suele ser automático. Se activa un GOVERNOR o el FADEC que aumenta o disminuye automáticamente la potencia del motor para mantener las RPM del rotor principal constantes, aunque cambie el ángulo de las palas. Antiguamente se hacía de forma manual por el piloto. Normalmente se usa la palanca de gases del joystick.
El cíclico es la palanca con la que se se inclina el rotor principal hacia adelante atrás y hacia los lados. Se asigna a la palanca de tu joystick.
Los pedales controlan el ángulo de las palas del rotor trasero (si lo tiene). Se usa para contrarrestar el par del rotor principal y que el helicóptero no gire como una peonza. También, claro está, para girar el helicóptero, aunque a altas velocidades es mejor inclinar el helicóptero hacia un lado, como si fuera un avión.
Para volar bien el helicóptero tienes que coordinar bien el uso de los 3 mandos. No es fácil y requiere mucha práctica. Por ejemplo. Si mueves el cíclico hacia adelante, el helicóptero tenderá a bajar y tienes que aumentar el colectivo para mantener la altura, que a su vez implica usar los pedales para contrarrestar el par del rotor (que aumenta al aumentar el ángulo de las palas) y no se gire el helicóptero hacia un lado. Donde más se necesita esa coordinación es en el despegue y el aterrizaje.
Puedes mirar este manual
http://www.faa.gov/library/manuals/aircraft/media/faa-h-8083-21.pdf, editado por la FAA, pero está en ingles. No se de ninguno gratuito en español.