Pues son luces y sirven para que te vean

Ahora en serio, el beacon se enciende antes de encender motores, para alertar de la peligrosidad. Mientras el beacon está encendido, nadie debe acercarse al avión. Por tanto, permanece encendido desde que se enciende el motor hasta que se apaga (por lo menos).
Las luces de navegación sirven, básicamente, para saber si el avión viene o va. Luz roja a la izquierda, como los políticos

Por tanto, si ves la luz roja a la izquierda, el avión va, y si la ves a la derecha, el avión viene.