Creo que lo que te está pasando es que varios edificios deben estar empaquetados en el mismo obj. Cuando esto es así, todos los edificios que van juntos quedarán a la misma altura. Si el suelo está ondulado, algunos edificios flotarán, y otros se hundirán. Al "aplanar" el aeropuerto, se enmascara este problema.
Mirando un paquete transformado, no es que varios objetos esten empaquetados en uno, sino que son partes de varios objetos en un objeto, tejados por otra parte, etc, un lío para manejarlos, moverlos de sitio o cambiar su altura, por lo menos en el paquete que estuve mirando
