Estaría bien saber exactamente como tienes configuradas las vistas con multipantalla, si tienes todas las pantallas en un mismo equipo (y cómo lo tienes) o si usas varios equipos conectados en red cada uno con su pantalla.
Pero por lo general cuando X-Plane no guarda ninguna configuración es por un problema de permisos en el directorio donde está instalado, y ya que dices que lo tienes por Steam, la ruta por defecto (\Steam\steamapps\common) está en una ubicación protegida (%PROGRAMFILES% o %PROGRAMFILES(X86)%), de donde se heredan los permisos. En el caso de Steam debería ser tan sencillo como darle permisos totales a tu usuario en el directorio de X-Plane dentro de \Steam\steamapps\common.
https://www.profesionalreview.com/2018/11/24/cambiar-permisos-carpeta/Ya que lo mencionas, si vas a montarlo para un aeroclub se supone que vas a darle uso comercial, y la licencia de Steam únicamente es doméstica y legalmente no te lo permite, en cuyo caso deberías adquirir una licencia PRO en
www.x-plane.com.
