Una opción es desde Resources\default scenery\default apt dat\Earth nav data\ modificando el nº pista dentro del .txt apt del aeropuerto que corresponda (puedes usar la opción ctrl+B para buscar el ICAO de LEMD y encontrarlo más rápidamente). Yo lo hice con las de LECU en la v10. Seguramente no sea la manera más ortodoxa, ni siquiera se si sirve para la v9.
No, no es la más ortodoxa, ni práctica
Lo ideal es que crees un escenario nuevo con LEMD con las pistas modificadas. Es decir, creas la carpeta en custom scenery, abres el WED, abres esa carpeta e importas el APT.DAT de la ruta indicada por xflyer. Cambias los números de pista y exportas.
Eso sí, asegúrate que no tengas otro escenario LEMD en custom scenery con mayor prioridad y que te esté fastidiando.
Ah, y mantén actualizado tu apt.dat desde data.x-plane.com aunque para XP9 ya hace muuucho tiempo que no se actualiza.