Localiza el obj en cuestión y añádele debajo del header la línea
GLOBAL_no_blend 0.5 (respetando mayúsculas y minúsculas)
I
800
OBJ
TEXTURE textura.png
POINT_COUNTS 24 0 0 48
GLOBAL_no_blend 0.5
En realidad el valor 0.5 puede ser cualquier valor entre 0 y 1, esto define la "agresividad" del corte del alpha, cuanto más bajo el valor mas brusco es el corte pero también mas feo, tienes que buscar un valor que haga desaparecer este "halo" completamente pero sin que afecte demasiado a la definición del borde de la textura, es prueba y error.
Este atributo sólo se aplica a los obj, para los demás (fac, for, etc) el atributo es NO_BLEND y el consiguiente valor.
Así es como queda con 0.5 (aunque no son .obj, son .for pero dá lo mismo), los bordes se distinguen perfectamente y el alpha queda bien cortado haciendo que desaparezca el efecto "halo"
EDITO: Perdón, no he leído bien tu post, pero dejo esta info por si te es util
Lo de las lineas/cruces es porqué el objeto está mal texturizado, no te queda otra que importarlo en lo-que-sea-que-utilices-para-modelar y modificar ya sea la altura de los planos o el posicionamiento de la textura...
También puedes hacerlo editando directamente en el texto del obj las coordenadas del mapeado de texturas, pero podrías quedarte calvo antes de tiempo...
